الرئيس هو الممثل القانوني للهيئة أمام القضاء، وفي علاقتها مع الغير، ويتولى الصلاحيات المخولة له بمقتضى القوانين الاتحادية في إدارة شؤون الهيئة، كما يمارس على وجه الخصوص الاختصاصات الآتية:
1. الإشراف العام على سير العمل في الهيئة وإصدار القرارات اللازمة لذلك.
2. الموافقة على السياسات والاستراتيجيات والأنظمة المتعلقة بالشؤون الإسلامية والأوقاف والزكاة بالتنسيق مع الجهات المعنية في الدولة، ورفعها لمجلس الوزراء للاعتماد.
3. اعتماد الأنظمة واللوائح الداخلية وخطط العمل اللازمة المتعلقة بالهيئة، شاملاً الأنظمة واللوائح الكفيلة بتنمية إيرادات الأوقاف وتحصيلها بصفة منتظمة، وصيانة أعيان الأوقاف.
4. الموافقة على الإيرادات والمصروفات السنوية لأموال الأوقاف والزكاة وحساباتها الختامية، بعد اعتماد مجلس الوزراء.
5. الموافقة على مشروعي الميزانية السنوية للهيئة وحسابها الختامي، ورفعهما إلى وزارة المالية لتضمينهما ضمن قانوني الميزانية والحساب الختامي الموحد.
6. الموافقة على الهيكل التنظيمي للهيئة ورفعه إلى مجلس الوزراء للاعتماد.
7. إبرام العقود والاتفاقيات اللازمة لتحقيق أهداف واختصاصات الهيئة وفق التشريعات السارية.
8. الموافقة على تأسيس الشركات والمؤسسات والصناديق اللازمة لإدارة واستثمار أموال الوقف والفائض من أموال الزكاة داخل أو خارج الدولة وفق التشريعات السارية وبالتنسيق مع الجهات المعنية.
9. قبول الهبات والإعانات والتبرعات والمنح بما يتفق مع اختصاصات الهيئة، ووفقاً للتشريعات السارية في هذا الشأن.
10. تعيين موظفي الهيئة وفق التشريعات السارية.
11. تعيين مدقق حسابات خارجي أو أكثر، إذا دعت الحاجة إلى ذلك، وتحديد أتعابه.
12. تشكيل اللجان التنفيذية والاستشارية، ويجوز أن تضم اللجان ممثلين عن الجهات الحكومية وذوي الخبرة والاختصاص، واعتماد تشكيل اللجان في الهيئة، وتحديد مهام تلك اللجان ونظام عملها.
13. التوقيع على الاتفاقيات والمعاهدات الدولية المتعلقة باختصاصات الهيئة أو الانضمام إليها، وذلك بالتنسيق مع وزارة الخارجية وغيرها من الجهات المعنية.
14. أي مهام أو اختصاصات أخرى تُخول له بمقتضى القوانين واللوائح والقرارات الصادرة من مجلس الوزراء.
للرئيس تفويض المدير العام ببعض اختصاصاته وصلاحياته، على أن يكون التفويض خطياً ومحدداً.