1. يكون للهيئة ميزانية مستقلة تعبر عن حقيقة مركزها المالي.

2. تتم إدارة أموال الهيئة وفق النظم والقواعد المالية والمحاسبية المعمول بها في الحكومة الاتحادية.

3. تتم إدارة أموال الوقف والزكاة وفق النظم والقواعد المالية والمحاسبية التي يعتمدها مجلس الوزراء بناءً على اقتراح الهيئة.