يكون الجهاز مسؤولاً عن الرقابة على المال العام والمساهمة في حمايته وفقاً لأحكام هذا المرسوم بقانون ومعايير التدقيق المعتمدة منه، من خلال مباشرة الاختصاصات التالية:
1. تدقيق الحساب الختامي الموحد (البيانات المالية) لحكومة الاتحاد وإبداء الرأي فيها، وإصدار تقرير يتضمن نتيجة أعمال التدقيق.
2. تدقيق وفحص البيانات المالية السنوية المنفصلة والمجمعة في الجهات الخاضعة مع مراعاة قوانين ونظم إنشاء الجهات الخاضعة. وللجهاز في سبيل ذلك فحص أوراق عمل وتقارير مدققي حسابات الجهات الخاضعة التي تتطلب قوانينها تدقيق بياناتها المالية بواسطة مدقق حسابات، بما في ذلك عقود استخدامهم، وذلك للتحقق من أن البيانات المالية تعبر بصورة عادلة عن الموقف والأداء المالي للجهة وجودة أعمال التدقيق المنفذة من قبلهم، وتقديم التقارير الخاصة بذلك.
3. تقييم كفاءة وفعالية نظم الرقابة الداخلية على البيانات والعمليات المالية والتشغيلية ونظم تكنولوجيا المعلومات والاتصال في الجهات الخاضعة.
4. وضع السياسة العليا للنزاهة ومكافحة الفساد المالي والإداري الذي يقع ضمن اختصاص الجهاز، بعد اعتمادها من رئيس الدولة.
5. التحقق من التزام الجهات الخاضعة بالقوانين والتشريعات والأنظمة واللوائح والسياسات والقرارات وقواعد الحوكمة ذات الصلة بأعمال الجهاز لأغراض التدقيق.
6. مراجعة الأداء والمخاطر في الجهات الخاضعة وفحص كفاءة وفعالية واقتصادية الأنشطة المالية والتشغيلية لها، وتقديم التوصيات بشأنها.
7. تلقي وفحص والقيام بأعمال التحقيق الإداري في الشكاوى والبلاغات الآتية:
أ. الاعتداء بأي صورة على أموال وممتلكات الجهات الخاضعة.
ب. تضارب المصالح، كالاشتراك أو تأثير رئيس الجهة الخاضعة أو أي من أعضاء مجلس إدارتها أو موظفيها في عملية اتخاذ أي قرار بالجهة يكون له أو لأحد أقاربه أو شركائه فيه مصلحة شخصية.
ج. إساءة استخدام السلطة أو استغلال الوظيفة العامة بغرض الحصول على مصلحة خاصة أو للغير.
د. حالات إفشاء البيانات والمعلومات الرسمية للجهات الخاضعة، والتي تتكشف للجهاز أو يُبلغ بها.
ه. القيام بأي فعل أو تصرف أو الامتناع عنه أو الإدلاء بأي تصريح، بشكل مباشر أو غير مباشر وبأي وسيلة كانت، ونجم عن ذلك التأثير على سمعة الدولة المالية أو الإضرار بمصالحها الاقتصادية.
8. تدريب وتأهيل المواطنين من العاملين بالمجالات ذات الصلة باختصاصات الجهاز، وكذلك من خريجي الجامعات والمعاهد في المجالات ذاتها.
9. فحص الشكاوى والمخالفات التي تقع ضمن اختصاص الجهاز والتي تقوم الجهات الخاضعة بالتحقيق الإداري فيها، وفقاً لأحكام هذا المرسوم بقانون.
10. العمل على تعزيز ونشر مبادئ النزاهة والشفافية والمحاسبة والأمانة في الوظيفة العامة على الجهات الخاضعة وعلى الجمهور، وإرساء قواعد بيئة خالية من الفساد المالي والإداري وتحديد المبادئ العامة والمسؤوليات للوقاية منه ودرء مخاطره والكشف عنه ومعالجة أسبابه ومحاسبة وملاحقة مرتكبيه واسترداد أموال الدولة وحمايتها، وإعداد التشريعات اللازمة في هذا الشأن ونشرها في الجريدة الرسمية والواجبة التطبيق بالجهات الخاضعة لمكافحة الفساد، وتوعية الموظفين والمتعاملين مع الجهات الخاضعة.
11. رصد أوجه القصور في التشريعات وأنظمة الحوكمة والأنظمة المالية والإدارية للجهات الخاضعة التي تتكشف للجهاز أثناء ممارسة الاختصاصات المنوطة به واقتراح ما يلزم لتعديلها.
12. إجراء الأبحاث والدراسات المتخصصة في تحقيق النزاهة الإدارية والمالية.
13. إنشاء قاعدة بيانات بالمخالفات المالية والإدارية التي تدخل في اختصاصات الجهاز وتحليلها، ووضع الحلول المناسبة لمعالجتها وضمان منع حدوثها.
14. التنسيق مع الجهات القضائية وجهات الاختصاص الأخرى لمتابعة القضايا التي يختص بها الجهاز، بما في ذلك الجرائم العابرة للدول.
15. تقديم أعمال الخبرة المالية والمحاسبية في القضايا التي ينظرها القضاء والتي يحيلها له الجهاز.
16. تمثيل الدولة لدى الجهات المحلية والمنظمات والمحافل الدولية المتعلقة بمجال الرقابة والتدقيق والنزاهة والشفافية ومكافحة الفساد المالي والإداري وتنظيم والمشاركة في المؤتمرات والمنتديات والندوات وعقد وتنظيم الدورات التدريبية المتعلقة بذلك، ويجوز لرئيس الجهاز متى ما ارتأى ذلك مناسباً، تشكيل لجنة بالتنسيق مع الجهات المعنية من ضمن الأجهزة الرقابية أو أجهزة مكافحة الفساد في الإمارات الأعضاء وجهات الاختصاص الأخرى ذات الصلة.
17. تدقيق مشروع الحساب الختامي الموحد ومراجعة مشروع قانون اعتماده وإعداد تقرير بذلك ويرسل إلى وزارة المالية وترفع نسخة منه إلى رئيس الدولة ورئيس مجلس الوزراء.
18. فحص إقرارات الذمة المالية واتخاذ الإجراءات اللازمة في ضوء ما يسفر عنه الفحص وفقاً لنظام الإفصاح.
19. أية اختصاصات أو مهام ترتبط بطبيعة عمل الجهاز أو يكلف بها من قبل رئيس الدولة.