في سبيل تحقيق المكتب لأهدافه، يُباشر المكتب بالتنسيق مع الجهات المعنية، الاختصاصات الآتية:
1. اقتراح وتطوير الأطر العامة والسياسات والاستراتيجيات والتشريعات والخطط المتعلقة بتنظيم القطاع، وتقديم التوصيات اللازمة بشأنها، ورفعها إلى مجلس الوزراء لاعتمادها بعد موافقة الوزير.
2. متابعة مدى التزام الجهات المعنية بتنفيذ الأطر العامة والسياسات والاستراتيجيات والتشريعات المتعلقة بالقطاع، ورفع التقارير بشأنها إلى مجلس الوزراء بعد موافقة الوزير.
3. متابعة أداء الجهات الأهلية والخاصة العاملة في القطاع والتي تتلقى الدعم من الدولة أو من أي إمارة من إمارات الدولة بحسب الأحوال وذلك بالتنسيق مع الجهات المعنية، واقتراح الخطط والبرامج التي تسهم في تطوير أدائها وتعزيز كفاءتها، وتقديم المقترحات ومشروعات القرارات اللازمة لتحديد الشروط والضوابط أو المعايير اللازم توافرها في تلك الجهات والنهوض بها، ورفعها للوزير.
4. بحث ومراجعة واقع المساعدات الخارجية في المجالات المعني بها القطاع، وتقديم التوصيات اللازمة بشأنها للجهات المختصة والجهات المعنية بعد موافقة الوزير.
5. اقتراح وتطوير الأطر العامة والسياسات والخطط الرامية لإنتاج خطاب فكري وحضاري معاصر مبني على العلوم والمعرفة والعقل والحكمة، وتعزيز دور العلوم بمجالاتها المتعددة في إثراء الفكر الإنساني والوصول إلى رؤى علمية ودينية منسجمة، ومتابعة تنفيذها.
6. التنسيق مع الجهات المعنية لضمان توافق الأطر العامة والسياسات والتشريعات والخطط المتعلقة بالاستثمارات المالية الدينية والوقف والمساعدات الخيرية والإنسانية، مع سياسات واستراتيجيات وتشريعات القطاع، ومتابعة تنفيذها وفقًا للقرارات التي تصدر عن الوزير في هذا الشأن.
7. اقتراح وتطوير المبادرات والتوصيات التي تساهم في الارتقاء بالقطاع.
8. اقتراح وتطوير خطط لبناء قيادات كفؤة ومؤهلة في المجالات المعني بها القطاع، وصولاً إلى قيادات تمتاز بالثراء الفكري، والعمق المعرفي، والانفتاح الواعي على آفاق الحضارة الإنسانية، ومتابعة تنفيذها.
9. اقتراح وتطوير خطط لإعداد وتأهيل طلبة العلم في المجالات المعني بها القطاع، وصولاً إلى خلق جيل متميز في الجانبين المعرفي والتطبيقي، ومتابعة المسار العلمي لهؤلاء الطلبة.
10. تقديم الرأي في المجالات المعني بها القطاع.
11. بناء قاعدة بيانات شاملة ومتكاملة للقطاع، ومتابعة تحديثها دوريًّا، وتحديد الآلية المناسبة لتزويد المكتب بهذه البيانات من قبل الجهات المعنية، وغيرها من الجهات.
12. إجراء الدراسات والبحوث التخصصية في المجالات ذات الصلة بالقطاع، بما في ذلك رصد وتحليل الظواهر والمخاطر والتوجهات الإقليمية والدولية.
13. إقامة وتعزيز علاقات التعاون والتنسيق وبناء الشراكات مع الجهات المعنية، وغيرها من الجهات داخل الدولة وخارجها.
14. رفع التقارير الدورية فيما يتعلق باختصاصات المكتب لمجلس الوزراء بعد موافقة الوزير.
15. أية اختصاصات أخرى تُناط بالمكتب بموجب التشريعات أو قرارات مجلس الوزراء أو الوزير.