يكون للمكتب رئيس، بدرجة وزير، يصدر بتعيينه مرسوم اتحادي، بناء على ترشيح الوزير، ويكون مسؤولاً عن المكتب أمام الوزير، ويتولى رئيس المكتب الإشراف على أعمال المكتب، ويباشر على وجه الخصوص، الصلاحيات الآتية:

1. الموافقة على سياسات وخطط واستراتيجيات المكتب، ورفعها للوزير للاعتماد، والإشراف على تنفيذها بعد اعتمادها.

2. الموافقة على الهيكل التنظيمي للمكتب، ورفعه للوزير للاعتماد.

3.  الموافقة على مشروع الميزانية السنوية والحساب الختامي للمكتب، ورفعهما إلى الوزير للاعتماد.

4.  فتح وإدارة الحسابات المصرفية بالنيابة عن المكتب وفقًا للتشريعات النافذة فيه.

5. اعتماد التقارير الدورية حول أداء وإنجازات واحتياجات المكتب، وعرضها على الوزير.

6.  أي اختصاصات أو مهام أخرى يُكلف بها من الوزير.

لرئيس المكتب أن يُفوض بعض اختصاصاته للأمين العام، أو لأي من كبار موظفي المكتب.