يكون للمؤسسة مدير عام بدرجة وكيل وزارة يصدر بتعيينه مرسوم اتحادي، بناء على توصية من مجلس الإدارة، ويتولى القيام بالمهام الآتية:

1. اقتراح سياسات واستراتيجيات المؤسسة وخططها وبرامجها ورفعها لمجلس الإدارة، والإشراف على تنفيذها بعد اعتمادها.

2. اقتراح مشروعات القوانين والمراسيم واللوائح والقرارات التنفيذية المتعلقة باختصاصات المؤسسة، وعرضها على مجلس الإدارة لاتخاذ الإجراءات اللازمة بشأنها.

3. اقتراح الهيكل التنظيمي للمؤسسة، وعرضه على مجلس الإدارة لاتخاذ الإجراءات اللازمة بشأنه.

4. متابعة إعداد مشروعي الميزانية السنوية للمؤسسة وحسابها الختامي ورفعهما لمجلس الإدارة، ومتابعة تنفيذ الميزانية ضمن الاعتمادات المقررة لها.

5. الإشراف على الوحدات التنظيمية التابعة له وتمكينها ومتابعة إنجازاتها ونتائج أدائها واقتراح ما يلزم من نظم وإجراءات للإسهام في تحسين الأداء وتطويره.

6. تمثيل المؤسسة لدى جميع الجهات داخل الدولة أو خارجها، وفي علاقتها مع الغير وأمام القضاء.

7. رفع التقارير الدورية والسنوية المتعلقة بسير العمل في المؤسسة وعرضها على مجلس الإدارة.

8. أية مهام أو صلاحيات أخرى تُخول إليه بمقتضى القوانين أو اللوائح أو يُكلف بها من مجلس الإدارة.

ويجوز للمدير العام تفويض بعض مهامه أو صلاحياته إلى من يراه مناسباً من موظفي المؤسسة، على أن يكون التفويض خطياً ومحدداً.