يُشرف الأمين العام على سير العمل بالهيئة، ويكون مسؤولاً أمام الرئيس عن متابعة وتنفيذ قراراته، وله في سبيل ذلك كافة الاختصاصات والصلاحيات اللازمة للتحقق من حسن سير العمل بالهيئة، بما في ذلك الآتي:

1. متابعة تنفيذ سياسات واستراتيجيات وخطط وبرامج الهيئة.

2. إعداد مشروعي الميزانية السنوية والحساب الختامي للهيئة ورفعهما إلى رئيس الهيئة.

3. إعداد اللوائح الداخلية والأنظمة المتعلقة بالشؤون المالية والفنية والموارد البشرية والهيكل التنظيمي للهيئة ورفعها إلى رئيس الهيئة.

4. إعداد التقارير الدورية عن سير عمل الهيئة.

5. تمثيل الهيئة أمام القضاء والغير داخل وخارج الدولة.

6. فتح وإدارة الحسابات المصرفية بالنيابة عن الهيئة داخل الدولة وفق اللوائح والأنظمة المعمول بها في الهيئة.

7. تعيين المستشارين والخبراء والموظفين وفق الأنظمة المعمول بها في الهيئة.

8. تشكيل اللجان وفرق العمل لمعاونة الإدارة التنفيذي للهيئة في أداء مهامها.

9. إصدار القرارات وفق اللوائح والأنظمة المعمول بها في الهيئة.

10. إبرام العقود والاتفاقيات التي تكون الهيئة طرفًا فيها وفقًا للنظم المطبقة بها.

11. أية مهام أخرى يكلفه بها الوزير أو الرئيس.