يمارس رئيس الجهاز المهام المحددة له وفقاً لأحكام هذا المرسوم بقانون، ويكون له على وجه الخصوص المهام والصلاحيات الآتية:

1. إعداد مشروع الميزانية السنوية للجهاز ورفعها إلى رئيس الدولة للاعتماد، والإشراف على تنفيذها.

2. إعداد الحساب الختامي للجهاز ورفعه إلى رئيس الدولة للاعتماد.

3. اعتماد الاستراتيجية والخطة السنوية للجهاز والإشراف على تنفيذها.

4. اعتماد الهيكلة التفصيلية الداخلية للهيكل التنظيمي للجهاز.

5. تقديم تقرير الجهاز المتعلق بتدقيق البيانات المالية السنوية الموحدة إلى وزارة المالية ونسخة إلى رئيس الدولة ورئيس مجلس الوزراء.

6. رفع تقارير عن أعمال الجهاز وعن النتائج الهامة والملاحظات الجوهرية التي أسفرت عنها أعمال رقابة الجهاز، والتقارير الأخرى حسب الحاجة إلى رئيس الدولة.

7. التحقيق مع موظفي الجهات الخاضعة والمكلفين بالوظيفة العامة المخالفين لأحكام هذا المرسوم بقانون، وذلك مع عدم الإخلال بأحكام المرسوم بقانون اتحادي رقم (24) لسنة 2021 بشأن مساءلة الوزراء وكبار موظفي الاتحاد.

8. إصدار الأنظمة واللوائح الفنية والمالية والإدارية الداخلية ولائحة الموارد البشرية والقرارات التي تنظم أعمال الجهاز وشؤون موظفيه.

9. إصدار القرارات اللازمة بشأن الأنظمة واللوائح والمعايير والقواعد والمنهجيات المتعلقة بممارسة اختصاصات الجهاز.

10. اعتماد البيانات المالية للجهاز.

11. تعيين مدقق الحسابات للجهاز.

12. تمثيل الجهاز أمام القضاء وفي علاقته بالغير.

13. منح أي من الصلاحيات المنصوص عليها في هذا المرسوم بقانون لأي من موظفي الجهاز أو من يكلف بعمل من أعمال الجهاز، بقرار من رئيس الجهاز.

14. أية اختصاصات أو مهام أخرى يتم تكليفه بها من رئيس الدولة.

15. لرئيس الجهاز تفويض بعض اختصاصاته إلى أي من كبار موظفي الجهاز.