يكون للمكتب أمين عام، يصدر بتعيينه وتحديد درجته مرسوم اتحادي، بناء على ترشيح من رئيس المكتب وتوصية الوزير.

ويكون الأمين العام مسؤولاً أمام رئيس المكتب عن حسن سير العمل بالمكتب، وله بصفة خاصة مباشرة الصلاحيات الآتية:

1. إدارة شؤون المكتب المالية والإدارية، وإصدار القرارات اللازمة لحسن سير العمل به وفقًا للتشريعات النافذة في المكتب.

2.  اقتراح سياسات وخطط واستراتيجيات المكتب، ورفعها لرئيس المكتب للموافقة، وتنفيذها بعد اعتمادها.

3. إعداد الهيكل التنظيمي للمكتب، وعرضه على رئيس المكتب للموافقة.

4.  تعيين الموظفين والخبراء والمستشارين وإنهاء خدماتهم وفق لوائح ونظم الموارد البشرية المعمول بها في المكتب.

5. اقتراح مشروع الميزانية السنوية والحساب الختامي للمكتب، وعرضهما على رئيس المكتب للموافقة.

6. تمثيل المكتب أمام القضاء وفي علاقته مع الغير.

7.  إبرام العقود والاتفاقيات التي يكون المكتب طرفًا فيها وفق الأنظمة المعمول بها في المكتب.

8.  إعداد التقارير الدورية حول أداء وإنجازات واحتياجات المكتب، وعرضها على رئيس المكتب.

9.  أي مهام أخرى يُكلف بها من رئيس المكتب.

وللأمين العام تفويض بعض اختصاصاته إلى أي من كبار موظفي المكتب.