يكون للمجلس أمين عام يصدر بتعيينه وتحديد درجته مرسوم اتحادي بناءً على توصية الرئيس، ويكون مسؤولاً أمام الرئيس عن تنفيذ سياسات واستراتيجيات وتشريعات وأنظمة المجلس وحسن تسيير شؤونه الفنية والإدارية والمالية، وله بوجه خاص ما يأتي:

1. اقتراح سياسات واستراتيجيات المجلس وبرامجه، والإشراف على تنفيذها بعد اعتمادها.

2. اقتراح مشروعات القوانين والمراسيم واللوائح والقرارات المتعلقة بالوحدات التنظيمية التابعة له، وعرضها على مجلس الإدارة لاتخاذ الإجراءات اللازمة بشأنها.

3. اقتراح الأنظمة واللوائح وخطط العمل اللازمة لحسن سير العمل في المجلس، وعرضها على الرئيس للاعتماد.

4. متابعة تنفيذ الخطط والبرامج والمشاريع والأنشطة التي يشرف عليها المجلس أو يقوم بإدارتها أو تنفيذها.

5. اقتراح الهيكل التنظيمي للمجلس ورفعه إلى الرئيس لإقراره.

6. الإشراف على إعداد مشروعي الميزانية السنوية والحساب الختامي للمجلس، وعرضهما على مجلس الإدارة، وإقرارهما من الرئيس، ومتابعة تنفيذ الميزانية ضمن الاعتمادات المقررة لها.

7. الإشراف على الوحدات التنظيمية التابعة له وتمكينها ومتابعة إنجازاتها ونتائج أدائها، واقتراح ما يلزم من أنظمة وإجراءات للإسهام في تحسين الأداء وتطويره.

8. اعتماد خطط وبرامج التأهيل والتدريب للجهاز الإداري في المجلس.

9. تمثيل المجلس في علاقته بالغير وأمام القضاء.

10. رفع التقارير الدورية المتعلقة بسير العمل في المجلس والإنجازات والأداء المحقق وعرضها على مجلس الإدارة.

11. تعيين الموظفين والمستشارين وإنهاء خدماتهم وفق التشريعات السارية.

12. إبرام العقود والاتفاقيات اللازمة لتحقيق أهداف واختصاصات المجلس وفق التشريعات السارية.

13. أي مهام واختصاصات وصلاحيات أخرى تخول إليه بمقتضى القوانين أو اللوائح أو يكلف بها من مجلس الإدارة أو الرئيس.

للأمين العام تفويض بعض اختصاصاته أو صلاحياته إلى أيّ من يراه مناسبًا من كبار موظفي المجلس، على أن يكون التفويض خطيًّا ومحددًا وبعد موافقة الرئيس.