يكون للهيئة مدير عام أو أكثر بدرجة وكيل وزارة يصدر بتعيينه مرسوم اتحادي  بناءً على اقتراح الرئيس، وإذا كان من الكادر العسكري يجب ألا تقل رتبته عن لواء، ويتولى المدير العام كل في نطاق اختصاصه، المهام والاختصاصات الآتية:

1. المشاركة في رسم سياسات الهيئة والقطاعات التابعة له وخططها الاستراتيجية وبرامجها والإشراف على تنفيذها بعد اعتمادها.

2. اقتراح مشروعات القوانين والمراسيم واللوائح والقرارات المتعلقة بالوحدات التنظيمية التابعة له، وعرضها على الرئيس لاتخاذ الإجراءات اللازمة بشأنها.

3. متابعة إعداد مشروعي الموازنة السنوية والحساب الختامي للقطاعات التابعة له ورفعهما للرئيس، ومتابعة تنفيذ الميزانية ضمن الاعتمادات المقررة لها.

4. الإشراف على الوحدات التنظيمية التابعة له وتمكينها ومتابعة إنجازاتها ونتائج أدائها واقتراح ما يلزم من نظم وإجراءات للإسهام في تحسين الأداء وتطويره، ورفع تقارير دورية بشأنها إلى الرئيس.

5. المشاركة في تمثيل الهيئة فيما يتعلق بالوحدات التنظيمية التابعة له، وذلك لدى الجهات ذات العلاقة داخل الدولة وخارجها ووفقًا للصلاحيات المخولة له.

6. أي مهام أخرى ترتبط بطبيعة عمل المدير العام، أو يكلف بها من قبل الرئيس.

للمدير العام تفويض بعض صلاحياته إلى أي من يراه مناسبًا من كبار موظفي الهيئة، على أن يكون التفويض خطيًّا ومحددًا.