يكون للوكالة رئيس يصدر بتعيينه وتحديد درجته مرسوم اتحادي، ويُباشر الاختصاصات الآتية:

1. اقتراح السياسة العامة للوكالة وخطط العمل وأولويات تنفيذها والبرامج والمشروعات والبرامج اللازمة لها واعتمادها من المجلس.

2. الإشراف على تنفيذ اختصاصات ومهام الوكالة.

3. اقتراح الخطط اللازمة لإدارة الوكالة واستثمار أموالها واعتمادها من رئيس المجلس بعد موافقة رئيس الديوان.

4. اقتراح اللوائح المالية والإدارية للوكالة بما في ذلك لائحة الموارد البشرية واعتمادها من رئيس المجلس بعد موافقة رئيس الديوان.

5. اقتراح وإعداد مشروع الموازنة السنوية والحساب الختامي للوكالة ورفعهما لرئيس المجلس للاعتماد، بعد موافقة رئيس الديوان، ومتابعة تنفيذ الميزانية ضمن الاعتمادات المقررة لها.

6. اقتراح الهيكل التنظيمي للوكالة واعتماده من رئيس المجلس بعد موافقة رئيس الديوان.

7. اقتراح الإدارة التنفيذية للوكالة واعتمادها من رئيس المجلس.

8. إصدار القرارات والأنظمة اللازمة لتنظيم حسن سير العمل في الوكالة.

9. رفع التقارير الدورية المتعلقة بسير العمل في الوكالة والإنجازات والأداء المحقق وعرضها على المجلس.

10. التعاقد وإبرام الاتفاقيات ومذكرات التفاهم مع الغير وفقاً للتشريعات السارية.

11. فتح الحسابات المصرفية باسم الوكالة، وإدارة وتشغيل تلك الحسابات وفقاً للنظم المتبعة لدى الوكالة.

12. تشكيل لجان وفرق عمل داخلية من بين موظفي الوكالة ومن خارجها وتحديد مهامهم وإجراءات سير عملهم.

13. تعيين الخبراء والاستشاريين والفنيين بصفة مؤقتة أو دائمة وتحديد أتعابهم وإنهاء خدماتهم، وله الاستعانة بمن يراه مناسباً من خبراء ومؤسسات ومكاتب استشارية.

14. أي اختصاصات أو مهام أخرى يُكلف بها من رئيس المجلس أو رئيس الديوان.

لرئيس الوكالة تفويض بعض اختصاصاته إلى من يراه مناسباً من كبار موظفي الوكالة، على أن يكون التفويض خطياً ومحدداً.