يكون للمكتب رئيس يصدر بتعيينه وتحديد درجته مرسوم اتحادي، ويُعد السلطة العليا في المكتب، وله في سبيل ذلك ممارسة الاختصاصات والصلاحيات الآتية:-

1. اقتراح السياسات والاستراتيجيات والتشريعات المتعلقة بالاختصاصات المناطة بالمكتب وبالتنسيق مع الجهات المعنية في الدولة، ورفعها لموافقة الوزير حسب الإجراءات.

2. اعتماد السياسة العامة للمكتب، والخطة الاستراتيجية والبرامج والمشاريع اللازمة وفقًا للإجراءات المتبعة في هذا الشأن.

3. اعتماد الأنظمة واللوائح وخطط العمل اللازمة لحسن سير العمل في المكتب.

4. إقرار الهيكل التنظيمي والنظم واللوائح الإدارية والمالية للمكتب، ورفعه إلى الوزير لاعتماده.

5. إقرار مشروعي الميزانية السنوية للمكتب وحسابه الختامي، ورفعهما إلى الوزير لاعتمادهما.

6. اقتراح التوقيع على الاتفاقيات والمعاهدات الدولية المتعلقة بأنشطة واختصاصات المكتب أو الانضمام إليها، وذلك بالتنسيق مع وزارة الخارجية والتعاون الدولي وغيرها من الجهات المعنية

7. تعيين مدقق حسابات خارجي أو أكثر، إذا دعت الحاجة إلى ذلك، وتحديد أتعابه.

8. تشكيل اللجان وفرق العمل الدائمة أو المؤقتة لتمكين المكتب من القيام باختصاصاته، وتحديد مهام تلك اللجان وفرق العمل ونظام عملها.

9. قبول الهبات والإعانات والمنح بما يتفق مع اختصاصات المكتب، ووفقًا للتشريعات النافذة في هذا الشأن.

10. أي اختصاصات أو صلاحيات أخرى تُخول له بمقتضى القوانين أو اللوائح أو قرارات مجلس الوزراء أو الوزير.

وللرئيس تفويض بعض اختصاصاته أو صلاحياته إلى من يراه مناسبًا من كبار موظفي المكتب، على أن يكون التفويض خطيًّا ومحددًا.