يكون للهيئة رئيس يصدر بتعيينه مرسوم اتحادي، ويمارس الصلاحيات المخولة له بمقتضى القوانين الاتحادية، وله في سبيل ذلك ممارسة الصلاحيات الآتية:

1. اقتراح السياسة العامة والتوجه الاستراتيجي للهيئة والإشراف على تنفيذها بعد اعتمادها.

2. اقتراح مشروعات القوانين والمراسيم واللوائح والقرارات المتعلقة باختصاصات الهيئة، وبالتنسيق مع الجهات المعنية.

3. الإشراف على وضع واعتماد الخطة الاستراتيجية للهيئة والبرامج التنفيذية لها ومتابعة إنجازها.

4. اقتراح الهيكل التنظيمي للهيئة ورفعه لاعتماد مجلس الوزراء.

5. الإشراف العام على سير العمل في الهيئة وإصدار القرارات اللازمة لذلك.

6. الإشراف العام على إعداد مشروعي الميزانية العامة والحساب الختامي للهيئة، ومراجعة تقارير تنفيذ الميزانية وفق الاعتمادات المقررة لها.

7. تمثيل الهيئة لدى كافة الجهات سواءً داخل الدولة وخارجها.

8. أي صلاحيات أو مهام أخرى تخول له بمقتضى القوانين واللوائح والقرارات الصادرة من مجلس الوزراء.

للرئيس تفويض أي من المدراء العموم ببعض اختصاصاته أو صلاحياته.