يكون للجهاز مدير عام يصدر بتعيينه وتحديد درجته مرسوم اتحادي بناءً على ترشيح الرئيس، وإذا كان من الكادر العسكري فيتعين ألا تقل رتبته عن عميد، ويتولى المدير العام معاونة الرئيس والإشراف على سير العمل في الجهاز، ويُمارس في سبيل ذلك المهام والصلاحيات التالية:

1. اقتراح وإعداد السياسات والاستراتيجيات المتعلقة باختصاصات الجهاز وخططها وبرامجها ورفعها للرئيس، والإشراف على تنفيذها بعد اعتمادها.

2. اقتراح مشروعات القوانين والمراسيم واللوائح والقرارات التنفيذية المتعلقة باختصاصات الجهاز، وعرضها على الرئيس لاتخاذ الإجراءات اللازمة بشأنها.

3. اقتراح الهيكل التنظيمي للجهاز، وعرضه على الرئيس لاتخاذ الإجراءات اللازمة بشأنه.

4. متابعة إعداد مشروعي الميزانية السنوية للجهاز وحسابها الختامي ورفعهما إلى الرئيس، ومتابعة تنفيذ الميزانية ضمن الاعتمادات المقررة لها.

5. تعيين الموظفين وإنهاء خدماتهم وفق الأنظمة المعمول بها في الجهاز.

6. إبرام العقود التي يكون الجهاز طرفاً فيها وفقاً للنظم المعمول بها في الجهاز.

7. فتح وإدارة الحسابات المصرفية بالنيابة عن الجهاز داخل الدولة وفق اللوائح والأنظمة المعمول بها في الجهاز.

8. الإشراف على الوحدات التنظيمية التابعة له وتمكينها ومتابعة إنجازاتها ونتائج أدائها واقتراح ما يلزم من نظم وإجراءات للإسهام في تحسين الأداء وتطويره.

9. إعداد المقترحات المتعلقة بإطلاق أو المشاركة في المبادرات والحملات والبرامج ذات الصلة بعمل الجهاز، ورفعها للرئيس.

10. تمثيل الجهاز لدى جميع الجهات داخل الدولة أو خارجها، وفي علاقتها مع الغير وأمام القضاء، ووفقاً للصلاحيات المخولة له.

11. رفع التقارير الدورية والسنوية المتعلقة بسير العمل في الجهاز وعرضها على الرئيس.

12. أي مهام أو صلاحيات أخرى تُخول إليه بمقتضى القوانين أو اللوائح، أو يُكلف بها من الرئيس.

للمدير العام تفويض بعض مهامه أو صلاحياته إلى أي من كبار موظفي الجهاز، على أن يكون هذا التفويض خطياً ومحدداً.