يصدر رئيس الجهاز الهيكل التنظيمي العام للجهاز بعد اعتماده من رئيس الدولة بناء على توصية من رئيس الجهاز، ويكون متضمناً قطاع للتدقيق والرقابة والمحاسبة، وقطاع للنزاهة ومكافحة الفساد المالي والإداري إضافةً إلى عدد كافٍ من القطاعات الفنية والإدارات الرقابية والمساندة المختلفة، وذلك لتنفيذ اختصاصات وصلاحيات الجهاز المنصوص عليها في هذا المرسوم بقانون، ويتم تنظيم مهامها ومسؤولياتها وتسميتها في الهيكل التنظيمي العام وفقاً لأحكام هذا المرسوم بقانون والتشريعات الصادرة بموجبه. ولرئيس الجهاز إصدار وتعديل الهيكلية الداخلية للقطاعات ومهامها، والنظم الإدارية والتشغيلية التفصيلية للهيكل التنظيمي المعتمد بما يحقق أهداف الجهاز، كل ذلك بما لا يخل بالإطار العام للهيكل التنظيمي المعتمد.