يكون للجهاز رئيس بدرجة وزير، يصدر بتعيينه مرسوم اتحادي، ويتولى الصلاحيات المخولة له بمقتضى أحكام هذا المرسوم بقانون والقوانين ذات الصلة والتشريعات المعمول بها في الجهاز، وعلى وجه الخصوص المهام والصلاحيات الآتية:

1. الموافقة على السياسات والاستراتيجيات ومشاريع التشريعات المتعلقة باختصاصات الجهاز، ورفعها لمجلس الوزراء للاعتماد.

2. إقرار المبادرات والحملات التوعوية ذات الصلة بعمل الجهاز.

3. متابعة تنفيذ الخطط والبرامج والمشاريع والأنشطة التي يشرف عليها الجهاز أو يقوم بإدارتها أو تنفيذها وإصدار التوجيهات اللازمة بشأنها.

4. الموافقة على مشروعات اللوائح والأنظمة المتعلقة بالشؤون المالية والمشتريات والموارد البشرية والهيكل التنظيمي للجهاز، ورفعها إلى مجلس الوزراء للاعتماد.

5. اقتراح تشكيل مجلس لمكافحة المخدرات، ويصدر بتشكيل المجلس وتحديد اختصاصاته قرار من مجلس الوزراء، وللرئيس تشكيل اللجان التنفيذية والاستشارية لدعم تنفيذ اختصاصات الجهاز وفق النظم واللوائح المعمول بها في الجهاز.

6. إقرار مشروعي الميزانية السنوية للجهاز والحساب الختامي، ورفعهما إلى وزارة المالية لتضمينهما ضمن قانوني الميزانية والحساب الختامي الموحد.

7. إبرام الاتفاقيات ومذكرات التفاهم المتعلقة بعمل الجهاز بمراعاة التشريعات السارية في الدولة.

8. تعيين المستشارين والخبراء وإنهاء خدماتهم وفق الأنظمة واللوائح المعمول بها في الجهاز.

9. أي مهام أو صلاحيات أخرى تُخول إليه بمقتضى القوانين أو اللوائح أو يُكلف بها من مجلس الوزراء.

ويجوز للرئيس تفويض بعض مهامه أو صلاحياته إلى المدير العام أو من يراه مناسباً من كبار موظفي الجهاز، على أن يكون التفويض خطياً ومحدداً.