يكون للهيئة رئيس يصدر بتعيينه وتحديد درجته مرسوم اتحادي، ويُعد السلطة العليا في الهيئة، وله في سبيل ذلك ممارسة الاختصاصات والصلاحيات الآتية:-

1. إقرار السياسات والاستراتيجيات والتشريعات المتعلقة بالاختصاصات المناطة بالهيئة وبالتنسيق مع الجهات المعنية في الدولة، ورفعها لمجلس الوزراء للاعتماد.

2. اعتماد السياسة العامة للهيئة، والخطة الاستراتيجية والبرامج والمشاريع اللازمة وفقًا للإجراءات المتبعة في هذا الشأن.

3. اعتماد الأنظمة واللوائح وخطط العمل اللازمة لحسن سير العمل في الهيئة.

4. إقرار الهيكل التنظيمي للهيئة، ورفعه إلى مجلس الوزراء لاعتماده.

5. إقرار مشروعي الميزانية السنوية للهيئة وحسابها الختامي، ورفعهما إلى وزارة المالية لتضمينهما ضمن قانوني الميزانية والحساب الختامي الموحد.

6. اقتراح التوقيع على الاتفاقيات والمعاهدات الدولية المتعلقة بأنشطة واختصاصات الهيئة أو الانضمام إليها، وذلك بالتنسيق مع وزارة الخارجية والتعاون الدولي وغيرها من الجهات المعنية.

7. تعيين مدقق حسابات خارجي أو أكثر، إذا دعت الحاجة لذلك، وتحديد أتعابه.

8. تشكيل اللجان وفرق العمل الدائمة أو المؤقتة لتمكين الهيئة من القيام باختصاصاتها، وتحديد مهام تلك اللجان وفرق العمل ونظام عملها.

9. قبول الهبات والإعانات والمنح بما يتفق مع اختصاصات الهيئة، ووفقًا للتشريعات النافذة في هذا الشأن.

10. أي اختصاصات أو صلاحيات أخرى تخول له بمقتضى القوانين أو اللوائح أو قرارات مجلس الوزراء.

وللرئيس تفويض بعض اختصاصاته أو صلاحياته إلى من يراه مناسبًا من كبار موظفي الهيئة، على أن يكون التفويض خطيًّا ومحددًا.