تهدف المؤسسة إلى المساهمة في تعزيز مستويات الصحة العامة وجعل الدولة مركز عالمي موثوق للصناعات الدوائية والطبية من خلال تحقيق ما يأتي:

1. تعزيز البحث والتطوير في قطاع المنتجات الدوائية والطبية وجذب الاستثمارات الرائدة في قطاع البحوث والصناعات الدوائية والطبية.

2. تعزيز القدرة الصناعية المحلية في مجالات تطوير وإنتاج وتصدير المنتجات الطبية والدوائية عالية الجودة بتكلفة فعالة.

3. دعم الأمن الدوائي في الدولة وضمان توفر وجودة وفعالية وسلامة ومأمونية المنتجات الطبية والدوائية وجدواها ومردودها على الصحة العلاجية والوقائية ومستوى الصحة العامة للدولة.

4. الإدارة الوطنية الفعالة لإجراءات تطوير واعتماد وتصنيع وتسويق وتداول المنتجات الدوائية والطبية بأوقات وتكاليف قياسية ووفقاً لأفضل المعايير والممارسات العالمية.