تهدف الهيئة إلى ما يأتي:

1. تنظيم شؤون الجنسية وجوازات السفر ودخول وإقامة الأجانب في الدولة.

2. تعزيز أمن المنافذ والحدود والمناطق الحرة ورفع كفاءتها وجاهزيتها.

3. تنظيم وإدارة العمل الجمركي في الدولة بما يتوافق مع المعايير الدولية والمتطلبات الأمنية.