تهدف الهيئة إلى ما يأتي: 1. تحقيق سياسة الدولة في الشؤون الإسلامية والأوقاف والزكاة. 2. تعزيز قيمة الوقف والزكاة في التنمية الاقتصادية والاجتماعية، وحوكمة إدارتها في الدولة.