الهيئة العامة للشؤون الإسلامية والأوقاف والزكاة هيئة عامة اتحادية مستقلة، تتمتع بالشخصية الاعتبارية والاستقلال المالي والإداري، والأهلية القانونية اللازمة لمباشرة جميع الأعمال والتصرفات القانونية اللازمة لمباشرة اختصاصاتها، وتتبع مجلس الوزراء.