تحل الوكالة محل الوحدات التنظيمية التابعة لمساعد وزير الخارجية لشؤون التنمية والمنظمات الدولية بالوزارة والخاصة بشؤون التنمية الدولية، وذلك في مباشرة الاختصاصات المنوطة بها، كما تُنقل كافة موجودات هذه الوحدات وحقوقها والتزاماتها وموازنة البرامج والمشاريع التي تشرف عليها إلى الوكالة.