يختص مجلس الوزراء بالآتي:

1. إصدار القرارات والجزاءات الإدارية بشأن المناطق الحرة أو المنافذ التي لا تلتزم بتطبيق المتطلبات والمعايير الأمنية أو القانونية، وذلك بناءً على اقتراح الرئيس وبعد تنسيق الهيئة مع الجهة المختصة في الإمارة المعنية.

2. تحديد المنافذ الرسمية لدخول الدولة أو الخروج منها بناءً على اقتراح الرئيس وبعد تنسيق الهيئة مع الجهة المختصة في الإمارة المعنية.

3. الاستثناء من تطبيق هذا المرسوم بقانون.